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两者的内容不同:学术论文期刊是在某一学术课题具有的新的科学研究成果或创新见解和知识的科学记录，毕业论文(graduation study)是专科及以上学历教育为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前撰写的论文。两者的主体不同，毕业论文是学生写的，期刊论文是科学研究人员，包括学生写的。两者的时间不同，毕业论文的时间安排在修业的最后一学年(学期)进行，但是学术期刊论文没有限制时间。毕业论文目的在于培养学生的科学研究能力;加强综合运用所学知识、理论和技能解决实际问题的训练 
期刊：期刊分为国内和国际期刊，国内期刊主要有：省级期刊、国家级期刊和核心期刊；国际期刊分为国际核心期刊和普刊，国际核心期刊主要是sci期刊、ssci期刊、ei期刊等。这些期刊，不均是学者们的科研交流，而且也是职称晋升的阶梯。 论文：论文分为学术论文和普通论文，论文的类型与期刊的级别是相呼应的，如省级期刊，作者论文必须是省级论文发表；核心期刊必须是核心期刊论文发表；国际学术论文则是国际期刊。
一二三区是对期刊的分区。中国科学院文献情报中心按照期刊的影响因子，投稿难易程度和影响力分为1-4区。一区为顶级期刊，在自然科学领域有Nature，Science，Cell三大顶刊。
