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本科毕业论文除了查重外，一般还有要求内容上合理，有些专业还会有有毕业设计，论文要和毕业设计相符合。 
研究论文主要是收集数据，通过一定的方法进行假设的检验，展示结果，讨论。这也是研究论文最常见的格式。研究论文最核心的内容，就是原创性和新的知识。因为这是人们从科学领域获得并且记录新知识的最重要方式。方法和技术论文这种论文一般介绍新的软件或者新的方法、新的工作流程或数据标准，如Darwin Core数据交换标准，植物标本图像采集的流程和具体要求等。生态学中常用的vegan程序包，分子系统学中建立进化树的RAxML软件，作者都撰写了相应的论文。论文中介绍软件研发的背景、目的，实现的主要功能以及和其他软件相比的优势等，一般还会提供一个或者几个研究实例。如果软件或算法得到的了广泛关注，文章的引用率往往会很高。 数据论文一般只介绍数据以及数据采集和生成的过程，或者标准化的过程，并提供初步的统计图表等。例如介绍CHELSA气候图层的论文，介绍植物功能性状数据库TRY的论文等。一般来说，数据都在Dryad， Figshare， Github等网站，或者专门设立网站将数据公开。这类论文可能比较短，而且不包括对数据的深入分析。数据论文也可能是某地区的生物多样性编目，如某地区的物种名录及其濒危等级评估等。 综述综述是对某一个领域的研究现状进行总结、评述和展望的论文。国际上的主流学术期刊，一般以研究性论文为主，但也会发表少量综述，一般为约稿。部分期刊，如Trends in Ecology and Evolution， Annual Reviews上的论文以综述为主。这些论文，大多是某学者取得很高的学术声望后，由期刊的编辑发邀请函，请该学者围绕领域内的某一问题撰写的。综述论文往往涉及大量文献。一般的研究论文，参考文献数量很少超过100篇， 且一般在80篇以下，而综述性论文，为了详细介绍研究进展等，往往从学科的历史、现状、问题、展望等多方面进行论述，因此参考文献也较一般的研究论文多得多。阅读好的综述论文，有助于快速了解某一个领域的动态，把握学科的发展方向，也能帮忙快速找到以前忽略的重要文献，因此是了解某一领域的首选。 观点述评一般是学者对某一研究进展，或者现象表达个人观点的论文，在一定程度上接近综述，但由于篇幅所限，很难展示某一领域的全貌。一般来说，对某一问题持不同观点的学者， 可能在期刊的同一期，或者附近的几期内刊登论文。例如植物分类学家Maarten J M Christenhusz将蕨类植物的属名分类系统进行了大量合并，而一些蕨类专家对此持反对态度，因此在Taxon杂志上发表论文互相驳斥对方的观点。观点述评一类的论文，当然也要用数据支撑自己的观点，做到有理有据。 编者按一般是主编对某一期的若干篇论文进行简要的评述，也可能是基于该期发表的论文做进一步的呼吁（如怎样有效保护野生动植物）等。编者按一般是期刊编委会成员或者特邀编委撰写的，对于了解学科动态有一定的指导意义。 meta分析一般是从不同的研究论文提取数据， 再进一步分析，一般也进行假说检验，形式上介于研究论文和综述之间
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学术论文有不同的分类方法。 1、按研究领域和对象，可分为人文社科类论文、自然工程类论文与医学科学类论文。 人文社科类论文是以人文、社会现象为研究对象的学术论文，其任务是研究并阐述各种人文社会现象及其发展规律，研究领域涉及的范围广，类型复杂交错。根据学科内容的不同，人文社科类论文可细分为哲学学科论文、语言文学学科论文、历史学科论文、艺术体育学科论文、经济学科论文、政治学科论文、法学学科论文、管理学科论文、教育学科论文等。人文社科类论文就研究方法与行文角度而言，可以将其分为论述型、评价型、考证型、证明型、介绍型、诠释型、调查报告等论文类型。 自然工程类论文，也称为理工科类论文，其研究目的是发现自然现象背后的规律，并运用这些规律为人类社会发展做出贡献。其中，自然科学论文侧重于对自然本体进行研究和描述，揭示自然界发生的客观现象以及自然现象背后的规律，具有客观性强、计量细、实验数据多等特点。工程科学论文侧重于运用科学和技术原理来解决人类社会发展进步中存在的问题。自然工程论文按照功能和属性，还可以将其分为实验型、理论型、综述型论文与科学调查（考察）报告等。 医学科学类论文，也称医科类论文。医科是对有关医疗、药物、公共卫生等研究领域的学科统称，医学科学类论文就是以人类自身身体及其所患疾病、所受损伤等为研究对象，以诊断治疗预防生理疾病和提高人体机体健康为目的。 2、按研究内容和方法，可分为理论型、实验型、描述型、设计型学术论文。 理论型学术论文的研究对象是比较广泛的自然现象和社会现象，以及这些现象之间的关系，即抽象的理论问题。其基本研究方法主要是理论证明、数学推导和综合考察等。 实验型学术论文是以实验本身作为研究对象，或者以实验作为主要手段得出研究成果后撰写的学术论文。它的核心内容是设计实验，进行实验研究，对实验结果的观察和分析，探讨客观事物和现象发生的原因和规律，形成结论或提出作者的见解。 描述型学术论文是以自然和社会存在的客观事物和现象为研究对象，其研究方法是考察、观测和分析，其主要表达方式是描述、说明和比较，目的在于向读者介绍新发现的具有科学价值的客观事物和现象。因此，它的重点在于说明事物和现象是什么，并确认其种属、学科等，和类似事物或现象有何不同，而没有复杂的理论推导、逻辑分析。
