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应用理论研究是理论研究，理论研究和应用研究就有区别了。无所谓哪个论文好些，关键你擅长写哪种，即你拥有的资源方便写哪个。如果“一穷二白”，那还是应用研究吧。理论研究要求的“功底”更深。 
一、指代不同1、基础研究：指认识自然现象、揭示自然规律，获取新知识、新原理、新方法的研究活动。2、应用研究：指为获得新知识而进行的创造性的研究，它主要是针对某一特定的实际目的或目标。二、特点不同1、基础研究：为了认识现象，获取关于现象和事实的基本原理的知识，而不考虑其直接的应用。2、应用研究：具有特定的实际目的或应用目标，具体表现为了确定基础研究成果可能的用途，或是为达到预定的目标探索应采取的新方法（原理性）或新途径。三、准则不同1、基础研究：没有特定的应用目的或目标主要表现在，在进行研究时对其成果的实际应用前景如何并不很清楚，或者虽然确知其应用前景但并不知道达到应用目标的具体方法和技术途径。2、应用研究：应用研究在获得知识的过程中具有特定的应用目的。或是发展基础研究成果确定其可能用途，或是为达到具体的、预定的目标确定应采取的新的方法和途径。应用研究虽然也是为了获得科学技术知识
首先基础的研究只是一个起步的阶段，还不能适用于临床，而且还在科研的阶段，应用的研究是可以进入临床试验，可以达到临床的试验，而且有初步的效果，还有对药物有修复的研究，这两者最本质的区别就是什么时候可以适用于人体研究。
研究目的不同：基础研究是弄清基本的概念基本的方法，应用研究是弄清具体的问题如何为具体对象服务。
