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食用菌可以做的论文很多。育种，栽培。病虫害防治，深加工等等方面都可以写啊。 
食用菌生产栽培料主要以棉子壳、锯木屑、稻草、玉米芯及农作物秸秆等农副产品为主要原料。食用菌生产虽然利用的是农林废弃物，净化了环境，但在食用菌的生产栽培过程中，伴随也有大量的废弃栽培料）产生，其主要成分是食用菌的菌丝残体及经食用菌分解的纤维素、半纤维素和木质素等。若按70%生物效率计算我国每年约有多600万吨食用菌废料产生。随着食用菌生产的发展，各种竞争性或危害性杂菌、病虫害将越来越频繁发生。一部分菇农必然会采用类同防止其他作物病虫害的办法，施用农药进行灭菌除虫。在施用农药的过程中，特别是施用毒性较大的灭虫农药，容易给食用菌产品带来农药中有害成分的污染，或在子实体造成农药残留。有机氯、有机磷、有机汞是农药中种类最多的三大类，农药造成的急性中毒有3／4以上是由这三类农药引起的。培养基带来的污染食用菌是采用农林下脚料和少量无机盐混合组成作为栽培的基质。若基质的成分来自天然无污染的地方，其产品当然就是天然无污染的产品；若培养基质来自有较多施用农药残留的农林下脚料，其中某些有害成分可以通过菌丝在分解吸收基质营养时积累到菌丝和子实体中，造成产品污染。但这种污染成分种类和各污染成分的多少因不同食用菌种类而各不相同。一方面是培养基质由于受到污染导致食用菌栽培过程中有害物质代谢积累；另一方面是培养基质本身变质，腐败过程中微生物代谢产生的毒素可通过菌丝对基质的分解吸收而导致食用菌受污染。环境对食用菌产品的污染食用菌生产原本多在山区林木资源和农副产品资源丰富的地方，环境对食用菌产品造成的污染机会很少。但是由于农业生产中长期大量施用农药、化肥，工业"三废"的排放，可能造成对土壤、水源和空气的污染。1．土壤造成污染 在食用菌栽培中，部分种类如粪草类的双孢蘑菇、姬松茸、草菇和平菇类中一些品种，需通过覆土才能出菇，或通过覆土可获得外观优质和高产，这类食用菌生产过程中若采用污染的土壤进行覆土栽培，含有污染成分的土壤可能给其产品带来污染。如姬松茸的重金属超标，就与土壤中镉含量较多有关。空气污染除栽培场所有工业废气排放会给食用菌产品带来污染外，在食用菌产品烘烤加工过程，使用煤、油、柴为燃料，燃烧后的有害气体可能为产品所吸附而造成某些有害成分的超标。如香菇用煤为燃料烘烤，若非间接热烘干，可能造成二氧化硫含量超标。水质污染食用菌生产全过程和某些加工工艺中的许多环节均需要用水。有的水分是直接与食用菌子实体接触，有的水分被菌丝体吸收再输送到子实体中，有的水分在加工中与子实体融为一体成为产品。因此，受污染的水质在食用菌生产和加工中使用可能使食用菌产品受污染，造成有害成分超标，或有害微生物超标。在食用菌生产管理过程中，与子实体直接接触的水质要符合饮用水的标准，如栽培管理中的喷水用水和加工过程中的用水均应达到饮用水的水质标准。
