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关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分。“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。 
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。
1、文献综述是对某一方面的专题搜集大量情报资料后经综合分析而写成的一种学术论文， 它是科学文献的一种。 2、文献综述的格式与一般研究性论文的格式有所不同。这是因为研究性的论文注重研究的方法和结果，特别是阳性结果，而文献综述要求向读者介绍与主题有关的详细资料、动态、进展、展望以及对以上方面的评述。因此文献综述的格式相对多样，但总的来说，一般都包含以下四部分：即前言、主题、总结和参考文献。撰写文献综述时可按这四部分拟写提纲，在根据提纲进行撰写工。
论文重在传播、记录的研究成果，重在内容的教育作用和形式的工具作用，文献重在记录、保存研究成果，重在内容的历史价值和形式的取证作用。论文可以作为文献的一种特殊形式。
