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论文脚注与参考文献不需要对应，二者是不同的，在写论文时可以用不同的字体来区分，也可以用特殊的符号标注。脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。 
开题报告的参考文献和正文的参考文献是可以不一致。开题报告的参考文献和正文的参考文献是可以不一致。但是尽量写近五年的比较新的文献。并且要与论文有关系，不能乱用。而且要注意格式。开题和论文定稿可以不一样，开题只是看你定的这个题目是否值得去做，值得就朝着这个方向努力，最后成文，不值得，就要就行修改题目。甚至会换题。这个没有严格的规定。开题报告主要是针对后续研究课题的详细论述，很大篇幅是文献综述，对前人工作的总结，以得出自己的研究方向。而论文是指自己完整的研究过程。两部分的文献肯定会有重叠，但不可能完全一样。题主的疑惑大可不必。
