恒曼大城
已发表论文用了真实名称但注明出处的话问题不大。如果引用了真实名称,所用数据为真实数据的话是可以使用的,如果伪造了数据那还是建议联系编辑进行修改,可以修改为化名,以免引起刑事纠纷。所以根据所用真实名称影响程度进行定夺。 
应该也可以使用笔名,不过最好是向投稿单位的老师咨询清楚,再有就是你的学校或单位(毕业、评职称)是否承认用笔名发表的论文。
笔名可以通过著作权法来保护,艺名也可以,化名是否可以受法律保护目前还未见到相关的案例。论文中的观点是不具有法律效力的,民法的原则是:法无禁止即可为。法律没有禁止公民使用笔名、艺名、化名。公民就可以使用,但用化名从事诽谤他人或发表危害国家安全的言论等行为的,估计会收到法律的制裁。
当然了,你这是论文不是小说或散文啊,不可以用笔名的你要让别人知道这是你自己的观点!一定要用真名