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不一样，总的来说毕业设计的文献要远远多于开题报告，但二者是可以包含不一样的文献的。毕业设计的参考文献因该根据定稿论文的顺序依次引用，不需要理会开题报告的文献；只因二者相关度很高，所以参考文献也会有很多相似；但并不是说一定要后者包含前者。 
注释一般都在当页的下方，参考文献的顺序一般都是论文中的引用顺序，也有特殊情况，有的期刊要求按照字母表的顺序。
在文中标注是要按照顺序的，[1]、[2]……，用上标。在最后罗列参考文献时，可以按照文中的顺序，[1]、[2]……排列，也可以按照姓名第一个字母顺序排列。
