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发酵工程在食品中应用上十分的广泛。比如我们日常生活中啤酒、醋、果酒等都是通过发酵来产生的。此外，在目前的食品工业中常见的食品添加剂也多为发酵所制得，比较常见的有果酱、果汁、罐头等。除以上两种以外，还有一些更为微妙的发酵工程，这些发酵工程常常以发酵作为途径，然后利用微生物来形成单细胞蛋白。在许多国家中都有应用发酵来进行单细胞蛋白菌体的制备研究。通常，在我国其应用于一些制糖、淀粉水解液等废液来作为原料制备一些家禽的饲料，据相关资料显示，采用单细胞蛋白所制备的饲料，能够有效提高家禽增重并且有助于家禽的产蛋。传统食品加工工艺中的应用在现代发酵技术的推动下，能够有效地对传统发酵食品加工工艺进行改良。目前比较典型的现代发酵技术为双酶法糖化工艺，其发酵的效率和食品的品质都远超过传统的发酵工艺。在我国的传统酿造食品工业中，通过利用现代发酵工程技术，能够使得原料的利用率大幅提升，并且能够有效地缩短发酵周期，并改良食品的风味和品质。可以说在发酵工程应用下，传统食品加工工艺得到了较好的优化和改良，为我国的传统食品加工工业发展提供了充足的推动力。新糖原的开发和利用食品工业中，糖原的开发和应用具有十分重要的意义。随着目前社会人群的糖尿病、肥胖症、肝肾病等问题的不断提高，对于低糖食品的要求不断提升，在这种情况下，如何开发有效的甜味剂对于食品工业发展而言有着十分重要的意义。发酵工程得以应用，并取得了较好的开展效应，在发酵工程所得出的天冬精甜味剂下，能够实现低糖份和甜味的保障，并且发酵工程所用到的真菌，对于提高人体免疫力、抗肿瘤、抗衰老等方面都有着十分重要的生理功能作用。比方说目前比较常见的木糖醇口香糖，其中的木糖醇就是利用发酵工程来由木糖通过发酵产生。推动食补产品的研发目前随着保健意识提升，人们对于食补的需求不断提高，在此阶段对食补产品的研发对于扩充食品工业市场而言有着十分重要的意义。而在发酵工程下，其利用真菌的医疗保健效力及发酵后产物的绿色健康作用，很大程度上填补了我国目前的食补产品空白，为我国的食品工业发展打下了坚实的基础。 
现代科学技术的不断创新，发酵工程在环境生态保护中的应用也日益引起了广泛的关注。随着经济大幅度发展的背景下，大力推动发酵工程在环境保护中的应用也显得日益广泛。通过提高对微生物发酵的研究， 微生物发酵的过程中可以产生各种各样的中间产物， 利用生物发酵的产物来改善传统的环境保护的方法及措施，促使环境保护工作性能得到显著的提高。 1、纸浆废液的乙醇发酵纸浆废液的乙醇发酵作为一种有效的处理手段在现代环境保护中的应用十分广泛。亚硫酸盐纸浆废液中糖类物质占着较高的比例，另外由于其废液自身固有的特点将会导致在发酵的过程中也会出现一定量的乙醇。将纸浆废液应用于环境生态工程领域中可以达到净化空气的目的。但是在应用过程中， 要先经过适当的预处理，才能够达到预期的效果。2、 酵母循环发酵系统酵母循环发酵系统的应用能够提高废水处理的效率。首先，酵母循环发酵系统可以解决出水中活性污泥物法彻底降解的问题。其次， 酵母循环发酵系统与其他处理系统相比处理效果更加明显， 在保证废水处理质量时， 也可以缩短废水处理过程中所需要的时间。最后， 由于酵母循环发酵系统在废水处理过程中不再需要投加其他药剂， 因此大大降低了处理成本。3、 有机固体废物堆肥生活垃圾、工业建筑废料、剩余污泥等大量的有机固体废物成为了污染环境的罪魁祸首。现在最常见的处理手段就是填埋和焚烧。但是这些固体废弃物中还存在着大量可以被利用的有机物质，利用现代发酵工程技术手段， 不仅可以减少对环境压力， 大大提高生态环境质量。 还能够变废为宝缓解对资源需求的压力。创新型的有机固体废物的快速堆肥降解有机物，将糖类、淀粉类、纤维素类物质转化为含有大量甲烷的可燃气体，可以减少对煤类、燃气的使用，提高了经济效益。
它是一级学科“轻工技术与工程”中的一个重要分支和重点发展的二级学科，在生物技术产业化过程中起着关键作用。1）“发酵”有“微生物生理学严格定义的发酵”和“工业发酵”，词条“发酵工程”中的“发酵”应该是“工业发酵”。（2）工业生产上通过“工业发酵”来加工或制作产品，其对应的加工或制作工艺被称为“发酵工艺”。为实现工业化生产，就必须解决实现这些工艺（发酵工艺）的工业生产环境、设备和过程控制的工程学的问题，因此，就有了“发酵工程”。（3）发酵工程是用来解决按发酵工艺进行工业化生产的工程学问题的学科。发酵工程从工程学的角度把实现发酵工艺的发酵工业过程分为菌种、发酵和提炼（包括废水处理）等三个阶段，这三个阶段都有各自的工程学问题，一般分别把它们称为发酵工程的上游、中游和下游工程。（4）微生物是发酵工程的灵魂。近年来，对于发酵工程的生物学属性的认识愈益明朗化，发酵工程正在走近科学。（5）发酵工程最基本的原理是发酵工程的生物学原理。
