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算一下时间,已经两年过去了,想必题主已经解决这个问题了,我想我来晚了,不过我还是要强行怒答一波,嗯哼……今天我写论文的时候,也被这个问题烦透,然而解决方法非常简易:我猜题主设置论文格式的时候一开始用的也是首行缩进,只要在段落里把首行缩进改成缩进2个字符,即可解决问题。如果一开始设置目录用的是word自带的目录创建功能,那么,先把目录保存为文本,再使用缩进功能设置缩进2个字符,同样可以解决问的。^_^ 
根据国家语言文字工作委员会规定,论文的一级标题是三号宋体,二级标题用四号宋体,标号后面加实心小圆点,三级标题也用四号宋体,但标号后不加符号。
据学术堂了解,当一级标题为“一”时,二级标题“(一)”与正文字号相同,独占行,末尾不加标点符号。 当一级标题为“1”时,二级标题“1”与正文字号相同,独占行,末尾不加标点符号。