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◇荣获全国百篇优秀博士论文提名奖（2014）、湖南省省大学生暑期“三下乡”社会实践活动优秀指导者（2013）、教育部首届“博士研究生学术新人奖”（2010）、南开大学十杰（2010）、中南大学十大杰出学子（2008）、全英博士论坛二等奖（2010）、周恩来奖学金（2010，南开大学最高奖）、天津市青年政治学论坛二等奖（2010）、湖南省优秀硕士论文（2010）、全国2011社会科学研究生论坛一等奖（2011）、全国首届社会科学研究生论坛二等奖（2009）、中国大学生自强之星（2007）、芙蓉学子感动中南大学奖（2007）、湖南省三好学生标兵（2006）、芙蓉学子社会实践奖（2006）、中南大学优秀学生标兵（2005）、中南大学十佳青年（2005）、中南大学十佳大学生（2004）；全国大学生第十届“挑战杯”学术作品竞赛一等奖（2007）、全国大学生第九届“挑战杯”学术作品竞赛三等奖（2005）、湖南省第七届“挑战杯”学术作品竞赛特等奖（2006）、山东省第九届“挑战杯”学术作品竞赛一等奖（2005）等荣誉奖励。 
教育部 “新世纪优秀人才计划”（2010年）； 上海市第四届“十大优秀中青年法学家”（2009年）； 上海市“曙光学者”（2008年）； 上海交通大学“晨星学者”（2008年）； 上海交通大学法学院首届“最受学生欢迎教师奖”（2008年）；全国百篇优秀博士论文提名奖（2007年）； 四川省优秀博士学位论文奖（2007年）；中国法学会第一届中青年刑事诉讼法学优秀科研成果专著类二等奖（2007年）；中国法学会第六届全国中青年诉讼法学优秀科研成果专著类三等奖（2005年）；中国法学会第五届全国中青年诉讼法学优秀科研成果专著类三等奖（2003年）；最高人民检察院检察基础理论研究成果二等奖（2009年）；最高人民检察院检察基础理论研究成果三等奖（2005年）；上海市精品课程《刑事诉讼法学》； 2013年12月31日，四川省法学会六届三次理事（扩大）会暨首届“四川省优秀中青年法学专家”颁奖大会在成都举行。万毅被评选为首届“四川省优秀中青年法学专家”。
