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有三种原因。第一，该博士论文涉密，不能在网上公开，这种情况占比不多。第二，该博士所在学校未与知网签约。第三，该博士对自己的论文缺乏自信，害怕有人找事，因此从知网撤回。2010年之前的学位论文大多不查重，当时的政策也没有要求查重，按现在的标准来看，不少博士论文的重复率高，害怕有人找麻烦就主动撤回了。 
一些论文未被知网收录。可能时间距离太近。如果没有签订上网许可，知网就无法收录论文内容。涉密即商业价值。有的部分比较敏感，涉及到了国防和国家安全，如果涉密那么肯定不会发表在网上，另一部分论文内容有商业价值，公开发布在知网上可能会侵犯利益。核心期刊不上知网。有少部分核心期刊没有和知网签订协议，有一部分假刊虚刊也无法在知网上查到。知网上传论文后，系统会自动检测论文的章节信息，若目录是自动生成的根据目录进行分章节检测，如果不是就会自动分段检测。
