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如果查重的话会查论文中哪些是引用的，在哪篇文章中出现过。但是具体不会查标注的参考文献是否正确，是不是出自哪篇参考文献。毕竟最后提交的也是纸质版的，没人会查参考文献 
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
论文查重是会所有会籍网上现有的文献，然后进行查程序对比。超过一定比例的话，你论文可能需要重写。
