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如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。 
以知网查重系统报告为例，目前在知网硕博VIP1系统，以及本PMLC系统报告里，红色是代表有抄袭重复的部分，绿色是代表引用重复的部分。引用也是算到总重复里面，都需要做修改的。
首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系，引用能不能检测出来，与系统准不准确也没有关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的，这种情况常见于大段文字中的小句或者小概念。举个例子：假如检测段落1（第一章）有10000字，那么引用A文献300字（10000乘以3%=300）以内，是不会被检测出来的。若引用B文献超过300字，那么B文献分布于第一章中的抄袭都会被红字标注，不管位于第一章何处，即使打断成句子，只要超过20字就会被标注。[1]实际上这里也告诉同学们一个修改的方法，就是对段落抄袭千万不要选一篇文章来引用，尽可能多的选择多篇文献，一篇截取几句，这样是不会被检测出来的。[2]关于一些同学问引用的为什么也算抄袭，这里主要是因为知网的阀值问题，高于3%的统一算抄袭，也就是说引用于抄袭的临界就在3%之间。一旦你超标，即使你标注了引用也无济于事。[1] 这里所指的300字是一个大概值，并非临界值。引用的数量越低，就越不容易被检测出来。[2] 更新以后的CNKI学术不端检测系统将这一阀值调整到了3%，以前是5%，意味着检测系统对引用的要求更加严格，但运用我们后面提到的方法也不是很难。
以paperpp论文查重系统为例，橙色字表示轻度抄袭，红色表示严重抄袭，绿色表示合格。不同的查重系统用来表示这些意思的颜色会不一样，具体还是要看查重网站的说明。
论文查重是指，用一定的算法将你的论文和知网数据库中已收录的论文进行对比，从而得出你论文中哪些部分涉嫌抄袭，简而言之，就是检查你的论文重复率。在知网查重时，黄色的文字是“引用”，红色的文字是“涉嫌剽窃”。剽窃是指在你的写作中使用他人的观点或表述而没有恰当地注明出处。这包括逐字复述、复制他人的写作，或使用不属于你自己的观点而没有给出恰当的引用。查重原理：CNKI是连续的字数相同不能超过13个字，万方是连续的字数相同不能超过15个字。否则就会标注出来，算进重复率。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为5%，以段落计，低于5%的抄袭或引用是检测不出来的。
