王亚东教授 在国内率先开展生物信息学的研究，作为资深专家有力地推动了我国在生物信息学方面的研究工作。 他主持完成国家科技重大工程、国家863计划项目、国家自然科学基金、国际合作项目等20余项，其中国家重大专项项目1项，国家科技支撑计划重点项目1项，国家863计划项目10余项，国家自然科学基金项目5项，国际合作项目5项。王亚东教授荣获国家科技进步二等奖1项、省科技进步二等奖1项、省自然科学二等奖2项；在《Nucleic Acids Research》(SCI，IF 278)、《Bioinformatics》(SCI，IF 323)、《Human Mutation》(SCI，IF 213)、《BMC Genomics》(SCI，IF 40)、《BMC Bioinformatics》(SCI，IF 02)等国际著名期刊发表论文150余篇，单篇最高他引314次，入选2009年“中国百篇最具影响力国际学术论文”。王亚东教授代表性学术论文的影响因子总和超过150。 主要在研项目有 ： 生物大数据表述索引、搜索与存储访问技术，国家863计划重大项目，01-12 生物数字资源集成和信息服务关键技术研发， 国家863计划项目，01-12 医疗物联网关键技术研究与设备开发及验证， 国家科技重大专项，01-12 医疗信息集成融合技术与系统开发， 国家863计划项目，01-12 个人健康信息获取与管理技术研究，国家863计划项目，01-12 转化生物信息学重大产品研制，国家863计划项目，01-12 哈尔滨工业大学-爱思开医疗信息技术联合研究实验室，国际合作项目，01-12 基于新一代测序数据的基因组拼接组装算法研究 ，国家自然科学基金，01-12 基于个体基因组单核苷酸突变的等位基因转录调控模型研究，国家自然科学基金，01-12 基于多参考基因组的高通量测序片段映射方法研究，国家自然科学基金，01-12 基于生物数据融合的致病microRNA识别方法研究，国家自然科学基金，01-12 人类复杂疾病相关的非编码区调控性单核苷酸变异预测研究，国家自然科学基金，01-12 主要获奖项目有: 项目“农业专家系统及其开发工具研究”获第一届黑龙江省高校科学技术一等奖 (2002) 项目“复杂疾病基因作图的模式识别方法研究”获黑龙江省高校科学技术一等奖和黑龙江省自然科学技术二等奖（2005） 项目“J-220-2-15 农业专家系统研究及应用”获国家科技进步奖 (通用项目)二等奖 (2006) 项目“基于机器学习的色彩自动匹配技术研究”获黑龙江省自然科学技术二等奖 （2006） 论文《miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease》获中国百篇最具影响国际学术论文奖 (2010) 和第十二届黑龙江省自然科学技术学术成果奖一等奖 (2011) 个人基因组浏览器PGB是全球首个针对个人基因组而定制的浏览器，相关论文《The Personal Genome Browser: Visualizing Functions of Genetic Variants》发表在Nucleic Acids Research(2014年IF：278)。审稿人高度评价研究的重要意义“You do a lot of great works to the world”，标志着我国在这一全新的研究领域完成了领航任务。 软件成果有 ： miR2Disease miR2Disease， a manually curated database， aims at providing a comprehensive resource of miRNA deregulation in various human Personal Genome Browser Personal Genome Browser， a genome browser for visualizing individual genetic variants and their functions， with support of diverse genomic annotations and knowledge SIDD SIDD aims to establish semantic associations among disease-related databases and integrate them to provide disease global view at biological PRISM PRISM is a software for split read (reads which span across a structrual variant — SV ) mapping and SV calling from the mapping PRISM is able to detect small insertions and abitrary size deletions， inversions and tandom duplications with the direction of discordant read PRISM_CTX is a tool for detecting inter-chromosome trans-location DNMFilter ESclassifier ESclassifier is a supervised machine learning-based approach for exon skipping event detection from RNA-Seq data lncRNA2Target lncRNA2Target， a manually curated database for differentially expressed genes after lncRNA knockdown or over LncRNA2Function LncRNA2Function， an ontology-driven user-friendly web interface named lncRNA2Function， which enables researchers to browse the lncRNAs associated with a specific functional term， the functional terms associated with a specific lncRNA， or to assign functional terms to a set of human lncRNA genes， such as a cluster of co-expressed lncRNA TF2Lncrna TF2Lncrna， a web interface contains two panels on the left and right hand side， which allow users to input a set of lncRNAs for finding their common TFs or for browsing and retrieving TF-lncRNA regulatory relationships for a specific TF or lncRNA in a specific cell line of
