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近几十年，中医基础理论的研究有较大的进展，在用传统方法进行系统研究的同时，运用现代科学技术及西医学的研究手段，从不同侧面进行了探索，在一定范围内揭示了中医理论的科学性，并为人体生命科学的研究提出了许多新的课题。但是，由于中医学自身的复杂性和特殊性，也由于在研究思路和方法上的某些缺陷，中医基础理论的研究在许多方面都不尽人意，甚至陷入某些误区，因此必须认真考虑和探讨。 习惯上把中医理论的研究分为两种形式，即文献型的传统研究和借助现代科学理论的现代研究。文献型研究往往是继承性研究，而现代研究被认为是对中医学的发展研究。这种划分是对中医理论研究的误解，客观上阻碍了中医理论的研究和发展。不应该把是否借助现代科学作为区分继承和发展研究的标准，关键在是否有利于中医学或整个医学的发展，是否能够为人类提供新知识。 当前，有些研究如果不能科学的评价其结论就会阻碍中医学的发展。假如在解剖学找不到经络的实体，就认为人体的经络现象不存在，势必动摇对中医学理论和概念的信念，影响中医学的发展。很多临床医生不从中医角度思考组方，而只考虑中药的药理，就是受这种研究思路影响的结果。究竟采用怎样的研究思路，才能真正有利于中医学的发展？ 中医理论产生在古代，由于中西方文化的差别，古代科技手段的限制，中医学不是真正意义上的科学体系。表现在理论概念的模糊不清，理论之间缺少严密的逻辑关系和某些理论的明显的主观倾向，造成中医理论研究，不论传统研究还是现代研究很难通过理论或实践来否定某些理论。 中医学是在东方文化背景下形成的，中医古代哲学的基本思想如气一元论思想、阴阳学说等，使得中医先辈在对人体生理病理现象进行观察研究和总结时，注意的焦点多在人体的整体联系和人体的某些整体规律上。在长期的发展中，中医学对人体的某些整体规律或人体的某些深层规律有比西医更深的认识，这恰好是西医学的研究最易忽略的。因此，中医理论的现代研究，必须立足于这个基本出发点。要在全面了解中医理论的基础上，透过中医理论本身的表达，寻求中医理论中蕴藏的对人体深层规律或整体规律的认识，在此基础上提出某些新的理论和假说，推论某些结论，预测某些事实，从而推动中医学乃至整个医学科学的发展。 中医基本理论的内容是非常广泛的，从《内经》的构成看，涉及到医学、数学、天文学、地理学、生物学、气象学、物候学、食物学、农学、哲学、逻辑学、史学、社会学、伦理学、理学等多方面的内容。此后又有两千多年的发展，是长远的研究对象，有取之不尽的研究课题。但也必须看到，在这些理论中有些古人对长期临床实践的忠实记载或是对人体某些实际信息和现象的客观描述，并结合当时先进的哲学思想加以理论阐释的，这些都在一定程度上反映了人体生命活动的内在规律或多种联系。尽管在其理论表达上可能存在着这样或那样的问题，但以临床医疗实践实际现象观察为基础的真实记录以及所反映出来的规律都是实实在在的，是无论如何也不能否认的，这正是中医理论科学价值所在。因此，进行中医理论现代研究是非常有意义的，很可能有某些新的发现，或揭示出西医学乃至整个现代科学尚未认识到的人体生命规律。 在中医基础理论中，依赖思辩所得的结果和臆说是大量存在的。如用五行学说、五运六气学说进行的机械甚至僵化的演绎推理，用人体构造牵强附会的类比自然界构成的“天人相应”等，都是以主观臆测的联系代替实际存在的联系。事实上，中医理论有自身的发展规律且随着对客观事物认识的不断深化，知识和经验的逐步积累而不断更新，不断淘汰。 中医和西医是从不同的角度把握人体的，中医强调整体性，从宏观上动态上并通过系统分析的方法认知生命；西医强调个体分析，从微观上形态上，并通过还原分析的方法认知生命。对疾病的认识上，中医认为肌体局部失调与全身机能失调并重，主要诊断依据是临床表现出的症状和体征，特别强调局部与全身状态的综合判断；西医重视局部器官的病变，主要诊断依据是理化指标与局部器官的症状和体征，并特别强调局部器官病变的多层次检查分析。 因此，在中医理论现代化的今天，中医基础理论急需解决的问题不是用西医学的理论验证中医理论，也不是追随西医的发展亦步亦趋，更不是以西医理论代替中医理论，而是在保持自身特色，发挥自身优势的基础上，充分借鉴引进现代多学科的思维方法和研究手段。进一步完善中医自身的理论，创立新观点，提出新学说，以便指导临床实践，提高中医的治疗效果。只有这样中医学才能在整个医学科学、生命科学迅猛发展的大环境中找到自己的位置，不然中医理论乃至整个中医学将会面临主体性危机。
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现在的中医，是中医西医化，说好听是「科学化」，实际上是西医化。怎么没本事让西医中医化呢？中国人可怜啊！【中医界急缺人才，中医的教育有很大问题，我们的中医药大学里，一群唯唯诺诺的庸才正在教授一大群迷迷糊糊的庸才。】 对于很多中国人来说，西医西药已经成了一种信仰，不过这是标标准准的迷信。何谓科学主义？就是将科学的思维方式、研究方法和理论框架都作为绝对的价值标准进行信仰，而不是将其看作只是人类认识自然事物的一种相对有效的途径，进而排斥任何其他非科学的认识自然事物的途径，并要求所有的非科学文化接受科学的阐释与改造。一句话，科学主义就是极端的科学迷信。对科学主义的迷信必然会产生危害性的后果，即科学主义的信奉者以科学为标准怀疑和否定一切非科学的认知自然事物的途径，凡是那些不合符逻辑思维的、建构性实验研究的、概念性理论形态的都要被废弃，或者接受科学的改造。那些早已消失的文化不说，在当下与科学并存的非西方文化就会因这种信仰而遭殃。这就是中医为何会在中国不断地遭受来自中医学界内外的怀疑、异化、贬低和否定的原因。新生代的中医家队伍从小接受的就是学科学、讲科学和爱科学的科学主义教育，他们的自我意识里只有科学知识，虽然在大学学习阶段接受了与科学异质的中医理论知识，但是这种知识是处在边缘化的，是从属于科学知识的。科学主义的疫毒内陷于每一位中医先生的心中，使得他们只能以科学的标准去要求中医，从科学主义的角度去发展中医。在文化属性上，将中医纳入科学之中，但这种“科学”不是显在的，因为中医理论思维和形态与西医和现代科技理论大异其趣；那么，这就要充分挖掘中医的“科学内涵”，证明其内在的“科学性”，改造其“自然哲学式的形态”，使其由隐性的具有“科学性”的医学转化为具有显性的“科学形态”的医学。信奉科学主义的中医家队伍在科学价值的驱使下，不再是去研修中国古典文化强化对中医理论的继承与创新，而是将中医理论及其诊疗形态作为一种被改造的对象，用西医和现代科技既有的逻辑思维、建构性实验的研究方法和概念性理论形态去让中医改头换面。从此，科学主义就像一座难以穿透的屏障树立在中医家队伍的自我意识与中医理论之间，使得他们只能游离在中医理论之外，成为一个外在中医的看客。要想拯救中医，就必须拯救中医家队伍；要想拯救中医家队伍，除了要推动其在中国古典文化领域里固本筑基之外，还需要驱逐内陷于其心中的唯科学主义疫毒；要想驱逐唯科学主义的疫毒，就必须大力剖析科学认知自然事物的缺陷以及由之而来的弊端和危害性，彻底消除笼罩在科学之上的无暇的真理光环，将其打回低级地认始自然事物的原形。因此，我们要想在新的历史时期振兴中医，就必须和西方文化进行斗争，和西方文化中心论之下的唯科学主义进行斗争，根除中医家队伍在中国现代化进程中感染的现代化疫毒，将他们从科学的迷信中拉扯出来，重新树立中国古典文化的主体意识，进而推动中医的传播与发展。
