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参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目，集中列表于文末；注释主要包括释义性注释和引文注释，一般排印在该页地脚或集中列于文末参考文献表之前。释义性注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明；引文注释包括各种不宜列入文后参考文献的引文和个别文后参考文献的节略形式参考文献是作者撰写论著时所引用的已公开发表的文献书目，集中列表于文末；注释主要包括释义性注释和引文注释，一般排印在该页地脚或集中列于文末参考文献表之前。释义性注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明；引文注释包括各种不宜列入文后参考文献的引文和个别文后参考文献的节略形式。 
注释是对文章中细节问题的解释说明，参考文献是指论文写作过程中参考过、借鉴过、引用过哪些资料，资料的来源。注释一般在每一页的底部，当然也可以放在文章的结尾。参考文献则一定是在文章结尾
注释，著作权法术语，指对文字作品中的字、词、句进行解释。目的是为了让别人和自己很容易看懂。为了让别人一看就知道这段代码是做什么用的对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。参考文献，著作权法术语，指撰写或编辑论著而引用的有关图书资料称之为参考文献，参考文献是出版物不可缺少的重要组成部分。凡引用前人或他人的观点、数据和材料等都要在文中出现的地方标明，并在文末或书末列出，这项工作叫参考文献。
注释和参考文献区别是：1、性质和功能上的不同：注释主要解释题目或说明论文的写作缘起，及背景情况，说明引文资料的来源和出处等。而参考文献则是在论文的写作时，对所参考的文献的深度与广度的标示。因此，二者在性质和功能上是有明显区别的。2、著录形式上的不同：注释(文末注除外)一般列于篇首页地脚处，不加序号；而参考文献则多采用文末注，并且按文献的重要程度或先后顺序编排序号。引文出处注释(除篇名注、作者注、收稿日期注之外)一般是对某一论点、某一资料所作的征引，必须注明资料的准确来源和出处。3、必备性上的不同：需要注意注释一般在论文中不是必备的，有需要说明或补充、解释的问题则标出，没有需要说明或补充、解释的问题就不列。而参考文献在论文中一般来说都应是必备的，这说明了科学研究的继承性特征。就是原创性科研成果或科学发明，也应有前人的相关研究成果做基础或参考。以上内容参考 百度百科-注释
关于二者的区别，《中国学术期刊(光盘版)技术标准规范》明确从内容、形式、编排位置等方面试图对二者做出区分。“参考文献是作者写作论著时所参考的文献书目，一般集中列表于文未;注释是对论著正文中某一特定内容的进一步解释或补充说明，一般排印在该页地脚。参考文献序号用方括号标注，而注释用数字加圆圈标注(如①、②)。”这种规定，努力将二者区分开来，在实际写作中也具有较强的可操作性，并在实际操作中常常出现这样两种情况：一是引文一律被当作参考文献处理，二是论文中的注释极少或者说大多没有。
