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脚注被标红一般都是插入格式不对。论文上传的是PDF格式还是Word格式可能会对结果产生影响，因为当上传PDF检测时，PDF会比Word多一个文本转换过程。这个过程很可能会破坏你原来正确的目录和参考格式，目录和参考格式会被混淆，导师系统会被错误地识别并标记为红色。以知网为例，在格式正确的情况下，使用word版本长传文件，一般不会被标红，但是很多同学直接上传PDF版本，这样就可能被标红。因为PDF在系统中进行文字转化的时候可能会出现识别不准确的情况，也无法识别这个部分是你的参考文献，当然就会被标红啦。所以在学校没有明确规定必须以PDF版本上传时，一定选择Word版本上传。如果不是常见的主流检测系统，数据库可能会比较杂乱，检测算法也不够正规，所以参考文献被标红的情况也会存在。所以建议大家为了获得更准确的检测报告，并且更高效地查重降重，尽量使用学校指定地检测系统，比如知网、维普、万方等这些比较常见的主流查重系统。 
知网查重结果标注为引用的部分是说你论文中该段话句意与参考文献意思相近，但却不是完全一样，不是完全抄袭，但意思或有多个字相同，此时就会标注为“是否引证：是”，且进行标绿；而那些你完全复制参考文献中的语句，系统是直接判定为抄袭，直接标红，不存在你标注了引用系统就判定你为引证，我询问的淘宝卖家是这么说的。
首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系，引用能不能检测出来，与系统准不准确也没有关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的，这种情况常见于大段文字中的小句或者小概念。举个例子：假如检测段落1（第一章）有10000字，那么引用A文献300字（10000乘以3%=300）以内，是不会被检测出来的。若引用B文献超过300字，那么B文献分布于第一章中的抄袭都会被红字标注，不管位于第一章何处，即使打断成句子，只要超过20字就会被标注。[1]实际上这里也告诉同学们一个修改的方法，就是对段落抄袭千万不要选一篇文章来引用，尽可能多的选择多篇文献，一篇截取几句，这样是不会被检测出来的。[2]关于一些同学问引用的为什么也算抄袭，这里主要是因为知网的阀值问题，高于3%的统一算抄袭，也就是说引用于抄袭的临界就在3%之间。一旦你超标，即使你标注了引用也无济于事。[1] 这里所指的300字是一个大概值，并非临界值。引用的数量越低，就越不容易被检测出来。[2] 更新以后的CNKI学术不端检测系统将这一阀值调整到了3%，以前是5%，意味着检测系统对引用的要求更加严格，但运用我们后面提到的方法也不是很难。
应该 是格式不正确，知网的算法会根据格式去判别是否属于参考文献的，另外参考考文献的格式尽量不要用工具生成啊
如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。
