wu_yu318
相对来说，似乎专利效果更好一些 这个就要看你学校的政策了，一般学生手册上都有写的。 
先申请专利，再发表论文，不会影响专利的授权，放心写吧。引用参考文献的时候有点问题，如果专利已经公开的话，直接引公开号就可以啦;如果没有公开，但是预计在论文发表的时候专利将会公开的话，写上申请号也可以;如果没有公开，并且预计在论文发表的时候专利仍然不会公开的话，这个引用会有些问题，因为读者查询不到这篇专利文献的内容。这时候怎么办，我也不清楚了。
对方如果申请的是发明专利就不可能申请下来因为没有背后颖性，对方申请了你可以拿着这个论文把他的专利给否决掉，著作权是你自己的
