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脚注就是可以附在文章页面的最底端的,对某些东西加以说明,印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中,对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明,不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思,参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而,按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义,文后参考文献是指:“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范(试行)》和《中国高等学校社会科学学报编排规范(修订版)》的要求,很多刊物对参考文献和注释作出区分,将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”,列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。 
脚注和参考文献是不重合的,参考文献不用解释,就是参考过的或者直接引用的文献,做出标注,一般写于文章末尾,脚注一般写于每一页的最后,脚注主要运用于对数字或者某句话或者某个词语的详细解释,主要是文中无法说清某个词语,或详细解释某个词语影响文章阅读的情况下,要脚注说明。例如,学而时习之,不亦说乎,脚注就是对这句话的解释,学到了知识或本领,并有时间有机会去不断地实践它,不也是件快乐的事,参考文献就是论语学而。
参考文件一般写在论文的最后面。脚注是,如果你在文中引用了别人论文的一句话或者别人论文的观点,在这句话后面标一个数字,然后再这一页的最下方著名,这句话或者观点出自哪个论文。你查询过的文献,也许你没有在文中直接引用句子,