GelseySun
国外不了解,国内一般是老师给你项目做,但不一定作为你的毕业课题。如果能力强,硕士期间可能做很多项目,但是毕业课题只会有一个,一般是从项目中选能体现工作量和工作难度的作为毕业课题。 
论文发表当然是越有名,越有国际影响力的期刊越好,你作为第一作者或第二作者都无所谓。如果你学的是文科,那研究项目就是指论文的发表,如果是理工科,那项目就是指科研项目了。你GPA和托福都很好,如果GRE能考到1300分,有一些论文的发表,那去前30名的学校几率很大。
您的问题有点歧义,一般情况下来说,硕士研究生肯定是能参与到科研项目中来,那论文也就属于科研项目的成果,但是本科生的话就极少参与研究,更难以形成论文了。也有学校要求本科生发的。所以具体情况,你可以跟导师沟通一下,如果没有项目的话,发表了也没有太大作用。