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参考文献一般是按引用顺序进行标注编号的。你不按顺序，如果标注和文献列表是一一对应的话，也可以。但不符合习惯。自己用或让老板看可以。最终出版物，都应按顺序来。就像目录、序号都是1、2、3……一样。 
论文顺序打乱，如果完全是抄过来的，进行论文查重也是会存在高重复率的可能性。而且如果该篇论文发表过的，有人知道，也是逃避不了的。部分内容作为引用是可以的。
录入需要排序的姓名在行首，注意要每个姓名占一行，也就是输入完一个姓名后要按一下“回车”键换行。一般学科毕业论文有相应要求，如无则不一定按照出现的顺序标注，一般来说小论文中存在此种情况，作为硕士论文最好按照出现顺序标注，便于核对和审查。电子文献：[文献类型/载体类型标识]：[J/OL]网上期刊、[EB/OL]网上电子公告。[M/CD]光盘图书、[DB/OL]网上数据库、[DB/MT]磁带数据库。[序号]主要责任者电子文献题名[电子文献及载体类型标识]电子文献的出版或获得地址，发表更新日期/引用日期。
严格来说，的确是侵权的，因为很多评比要求都是以论文第一作者来衡量的。您如果能够联系刊物更正，则不会有其他问题。她要求归还她的发表费是没有依据的，因为文章已经发表，而且发表费用的承担属于合同约定，尽管是口头的。
