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首先你要先确定的是，论文的标题、目录以及参考文献等内容一般都是不会参与到论文的重复率检测当中，如果你查重后发现这部分内容也被标红了，那么这一般都不是因为你论文的这部分内容重复而造成的，而是由于你论文的格式出现了错误才导致的。其次，如果是自写而不是抄袭的内容被标红了，或者是自己第一次查重时没有被标记的内容，但是过几天再去检测的时候却又被标记出来了，会出现这种情况的原因一般都是因为论文查重系统的数据库发生了更新，要知道现在查重系统都添加有互联网数据对比库，而互联网数据又是在实时更新变化的，所以这可能你第一次检测的时候没有被标出来的内容，你第二次再去检测的时候，数据库更新收录了你之前没被标出来的文章内容，所以自然之前没被标记的现在又被标出来了。 
首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系，引用能不能检测出来，与系统准不准确也没有关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的，这种情况常见于大段文字中的小句或者小概念。举个例子：假如检测段落1（第一章）有10000字，那么引用A文献300字（10000乘以3%=300）以内，是不会被检测出来的。若引用B文献超过300字，那么B文献分布于第一章中的抄袭都会被红字标注，不管位于第一章何处，即使打断成句子，只要超过20字就会被标注。[1]实际上这里也告诉同学们一个修改的方法，就是对段落抄袭千万不要选一篇文章来引用，尽可能多的选择多篇文献，一篇截取几句，这样是不会被检测出来的。[2]关于一些同学问引用的为什么也算抄袭，这里主要是因为知网的阀值问题，高于3%的统一算抄袭，也就是说引用于抄袭的临界就在3%之间。一旦你超标，即使你标注了引用也无济于事。[1] 这里所指的300字是一个大概值，并非临界值。引用的数量越低，就越不容易被检测出来。[2] 更新以后的CNKI学术不端检测系统将这一阀值调整到了3%，以前是5%，意味着检测系统对引用的要求更加严格，但运用我们后面提到的方法也不是很难。
