Amberzsl
和学校评定准则有关,不同学校有不同的要求。至于你的顾虑,我还没有听说有学校这么做。以我的学校来说,学校任第一、二作者为同一个积分,这是因为通常学生为第一作者,第二作者必然写自己的导师,比如一篇CSCD核心为150分,CSCD扩展为80分,普通的双核为20分,等等。我不明白你的论文第二作者为什么不写自己导师呢? 
这个看你们学校的规定吧,像我们学校是可以评奖学金的,奖学金评定办法上写了这种情况。你看下你们学校的标准。
不能而研究生在学期间未经研究生指导教师审核同意公开发表的论文或其他学术成果,不得用于评奖、评优、申报各类项目和学位论文成果要求等。