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一般来说,很多学校的计算机科学与技术属于“工学”但是有些学校的计算机系是在数学系基础上发展出来的所以授予的学位是“理学”学位(据我所知南大计算机系就是),甚至连本科计算机系也是“理学学士”而不是一般学校的“工学学士”如果你想知道“计算机软件与理论”和“软件工程”的区别最简单的就是比较一下两者研究生的课程和培养目标通俗的说,前者对论文要求很高,是偏理论的,可能要研究很深的算法,或者一些尖端技术,比如人工智能,网格后者主要是面向实用的,所以一般会学些JavaEE,,嵌入式系统开发,有的学校还会学金融It。一般不会去研究很理论的东西,论文要求也比前者低 
先选好自己要写的方向吧,然后多参看一些别人的论文中找找灵感,比如软件工程与应用里面就有一些可以借鉴